Da es für den Bau des Pelikanhauses keine staatlichen Zuschüsse gibt, ist das Projekt auf Spenden angewiesen. Zu den Unterstützern zählen die Stiftung des ehemaligen Fußball-Nationalspielers Toni Kroos, die Stiftung Wohlfahrtspflege NRW, BILD hilft e.V., "Ein Herz für Kinder", Herzenswünsche e. V. und viele andere. Für die erfolgreiche Spendenkampagne wurden Dr. Martina Klein, Leiterin Fundraising bei den Alexianern, und ihr Team im Sommer 2023 mit dem Deutschen Fundraising Preis ausgezeichnet. Bis dahin hatten sie bereits 3,8 Millionen Euro für das Projekt gesammelt.
Auch die Pax-Bank unterstützt das Projekt. So übergab Christian Hartmann, Regionaldirektor Berlin und Bereichsleiter Institutionelle Kunden bei der Pax-Bank, kürzlich eine Weihnachtsspende über 5.000 Euro an Dr. Martina Klein. Weitere 5.000 Euro erhält das Pelikanhaus von der Pax-Bank-Stiftung. Darüber hinaus hat die Pax-Bank in diesem Jahr anstelle des üblichen Schokoladennikolauses Kekse aus der "Weihnachtsbäckerei des Pelikanhauses" an Kundinnen und Kunden sowie Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter verschenkt. Die Inklusionsbetriebe der Alexianer und der Alexianer Werkstätten vertreiben das selbst hergestellte "Pelikan-Gebäck" zugunsten des Projekts. "Die Spendenkampagne für das Pelikanhaus vereint Menschen aus dem Münsterland und ganz Deutschland in einem gemeinsamen Herzensprojekt", sagte Dr. Martina Klein bei der Verleihung des Fundraising-Preises.